Debido a que está diseñado para monitorear las condiciones de humedad a corto plazo que afectan a un cultivo en desarrollo, el CMI no es una herramienta que sirva para realizar el seguimiento de la sequía a largo plazo. La rápida respuesta de CMI a las condiciones cambiantes a corto plazo puede proporcionar información engañosa sobre las condiciones a largo plazo. Por ejemplo, una lluvia beneficiosa durante un período de sequía puede permitir que el valor de CMI indique condiciones adecuadas de humedad, mientras que la sequía a largo plazo en ese lugar aún persiste.

Una característica que limita el uso del CMI, como herramienta de vigilancia de la sequía a largo plazo es que el CMI normalmente comienza y termina cada estación de crecimiento con un valor cercano a cero. Esta limitación impide que el CMI se utilice para supervisar las condiciones generales de humedad fuera de la estación de crecimiento, especialmente de las sequías que se extienden durante varios años. El CMI también puede no ser aplicable durante la fase de germinación al comienzo de la temporada de un cultivo específico. Por esta razón el CMI sólo se calculará y presentará durante los meses de septiembre a abril (cultivos estivales).